電子票箱系統軟件由三個子系統組成：后臺維護系統、人工臺處理系統、服務器系統。三個子系統各自完成不同的功能，其中后臺維護系統用于選票設計及人員管理，直接與后臺數據庫交互;人工臺處理系統、服務器系統及電子票箱是選舉過程需要相互關聯的系統，三者獨立工作，通過網絡方式交換信息，相關數據存入后臺數據庫

　　后臺維護系統主要完成選票樣票的設計、代表信息的維護、系統數據庫的維護等工作。以項目的方式組織選票，每個選舉事項為一個項目。在同一張選票上既可以定義單個項目，也可以定義多個項目。系統按項目方式分類識別及管理。不同的項目可以設計為等額選擇或差額選舉兩種方式。

　　人工臺處理系統用于在選舉過程中對另選人項目、無效項目、未識別選票進行分類處理。對另選人信息進行核實及錄入、對未識別選票進行手動處理、對無效項目進行核實。該系統同時提供豐富的查詢、搜索功能。在選舉的過程中，可以根據實際情況啟用多個人工臺處理系統，以加快對另選人信息、廢票信息、未識別票信息的處理速度。服務器系統將根據各人工臺的處理速度自動的將待處理的選票路由到各人工臺。

　　服務器系統是票箱系統的監測控制中心，主要完成以下功能：對系統數據庫的初始化管理，該功能將清空數據庫中的數據，將數據庫置為初始狀態。對人工臺進行監測和管理，將電子票箱對選票的識別情況路由到各個人工臺進行處理，同時實時的顯示各人工臺處理的相關信息。對電子票箱的工作情況進行監測和管理，控制電子票箱投票，收集電子票箱對選票的處理情況，同時還可以對有問題的電子票箱的數據進行相關的處理。可以對單臺電子票箱進行開關操作。對選舉結果進行分類管理，提供多種排序方式。